カテゴリ内の登録件数を正しいサイト数で表示したいのですが

はじめまして、PHP版yomiサーチmodifiedを使っていたのですが、最近xoops版Ver. 0.90に変更しました。
とても便利に使わせていただいていますが、ひとつだけ気になる点があり、どうしたら変更できるのかわからないので質問させてください。

01　日本
01_01　関東
01_01_01　東京
01_01_02　神奈川
01_01_03　埼玉

以上のようなカテゴリで、1件のサイトが「東京」「神奈川」の孫カテゴリ2つに登録している場合なのですが、
「関東」カテゴリ内に実際に存在しているサイトは1件のみなのに、
親カテゴリ（「日本」）にアクセスした際に表示される登録件数が「関東（2）」になってしまうのです。
更にそのサイトが「埼玉」カテゴリも選択した場合は、「関東（3）」になります。
当然「関東」カテゴリをクリックしても、サイトは1件しか表示されません。
以前使っていたmodifiedでは、こういう場合は「関東（1）」と、実際のサイトの数が表示されていたので
ファイルをいくつか見比べてみたのですが、さっぱりわかりませんでした。
お手数をおかけしますが、どうかアドバイスよろしくお願いします。

maki さん、こんにちは。

SQLクエリの詰めが甘いようです。

調べて見ますがお盆開けまで忙しく、時間が取れないので、その後になると思います。

修正案があれば、お知らせください。＞ALL

nao-ponさん、お忙しい中の返信どうもありがとうございます。
とても助かります。お手の空いたときに、どうぞよろしくお願いいたします。

めっちゃ遅くなりましたが、Ver 0.91 にて修正しました。