正確にはローテート後のコマンド
/bin/kill -HUP `cat /var/run/httpd.pid 2>/dev/null` 2> /dev/null || true
が問題のようで、Kill -HUP で再起動するとなぜか eAccelerator が無効になってしまう。
この再起動の動作を、
/sbin/service httpd restart
にしたら、問題がなくなった。
果たしてこれでいいのかよく解らないが、今のところ問題がないようなので、これで様子を見てます。 
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